Nach dem Abitur 1868 in Fulda begann Ferdinand Braun sein Studium im benachbarten Marburg, wechselte aber nach zwei Semestern 1869 nach Berlin, das mit Magnus und dem Kreis um die Berliner Physikalische Gesellschaft eines der Zentren der Physik war. Er erlebte dort die letzten Semester von Magnus und auch die erste Zeit von Helmholtz, der prägende Einfluss war aber Hermann Georg Quincke, ein Schüler des Königsberger Physikers Franz Ernst Neumann.
Eigentlich wollte Braun, wie schon seine Brüder vor ihm, nach zwei Semestern in Berlin nach Marburg zurückkehren um dort sein Studium zu beenden. Nach Ablauf dieser Zeit hatte aber Quincke eine Professur an der Gewerbeakademie Charlottenburg erhalten und konnte Braun als Assistenten einstellen, was einen großen Teil von Brauns Lebenunterhalt im teuren Berlin sicherte und es ihm ermöglichte, in Berlin zu bleiben. 1872 wurde er mit einer unter Quinckes Anleitung angefertigten Arbeit über die Schwingungen von Saiten an der Universität in Berlin promoviert. Als Quincke im gleichen Jahr einen Ruf nach Würzburg erhielt, folgte Braun ihm dorthin als Assistent.
Die Kennzeichen der Tradition, in der Braun dadurch stand, sind bereits häufig beschrieben worden. Das Physikstudium hatte hauptsächlich die Aufgabe, Gymnasiallehrer auszubilden, und der fachwissenschaftliche Charakter des Studiums wurde vor allem über die wenn auch nicht ungebrochene Berufung auf die Ideale der humboltschen Bildungsreform gerechtfertigt. Im Zentrum der physikalischen Arbeit stand eine um den von Kathryn Olesko so genannten "Königsberger Ethos der Exaktheit" aufgebaute experimentelle Praxis, die Ausbildung der Studenten wurde durch das mathematisch-physikalische Seminar und die damit verbundene eigenständige experimentelle Arbeit der Studenten geprägt.