Marburg 1877-1880
Als Hochschullehrer war Ferdinand Braun bemüht, die Form der Ausbildung, die er in Berlin erlebt hatte, weiterzuführen. Bereits während seiner ersten außerordentlichen Professur in Marburg hat er ein physikalisches Kolloquium nach Berliner Vorbild für die fortgeschrittenen Studenten angeboten. Nach anfänglichen Schwierigkeiten konnte sich die Veranstaltung fest etablieren, so daß sie auch nach Brauns Fortgang von seinem Nachfolger beibehalten wurde und nach einiger Zeit sogar vom Ordinarius Franz Melde selbst übernommen wurde.
Insgesamt war die Arbeitsathmosphäre in Marburg aber nicht sehr gut. Braun war als außerordentlicher Professor darauf angewiesen, dass der Ordinarius ihm die benutzung des Instituts und seiner Geräte erlaubte, und hierbei gab es bald Schwierigkeiten. Daher nahm Braun den bald darauf an ihn ergangenen Ruf an eine andere Universität gern an.
Straßburg 1880-1883
Braun wurde zum 1. April 1880 als Nachfolger von W. C. Röntgen als außerordentlicher Professor für theoretische Physik nach Straßburg berufen. Ihm wurde vom Institutsdirektor August Kundt zugesagt, daß er einen Raum für experimentelle Arbeiten zur alleinigen Verfügung erhalten würde und die übrigen Mittel des Instituts so weit wie möglich natürlich mitbenutzen dürfe. Für das in Planung befindliche neue Institut wurden ihm sogar zwei bis drei Räume in Aussicht gestellt, allerdings verließ Braun Straßburg schon wieder bevor das neun Institut vollendet wurde.